華盛顿大學王艇團隊發現癌症免疫治療新靶點
导读：轉座因子（transposable element) 是细胞中能扭轉本身位置的一段脫氧核糖核酸（DNA）序列。轉座因子扭轉位置的举動称為轉座（transposition）。轉座因子與生物演變有紧密親密的瓜葛，并可能與個别發育、细胞分解有關。近日，圣路易斯華盛顿大學醫學院王艇傳授在【Nature Genetics】上颁發了一篇题為“Pan-cancer analysis identifies tumor-specific antigens derived from transposable elements" 的文章。文章揭露钻研职員在轉座因子（TEs)中發明了一個潜伏的癌症免疫醫治新靶點。
在该钻研中，钻研职員利用了癌症基因组圖谱(TCGA), 這是一個包括跨越2万個癌症样本的数据库，涵盖33種分歧的癌症类型和675種癌细胞系。這篇論文重要會商了存在于人类基因组中但常常处于休眠状况的轉座因子。
钻研布景
01
轉座因子，顾名思义，是可以将本身插入到其他基因中的DNA片断。因為轉座因子既能给基因组带来新的遗傳物資，在某些环境中又能像一番紅花泡水,個開關那样启動或封闭某些基因，并常使基因组产生缺失、反复或倒位等DNA重排，以是它與生物演變有紧密親密的瓜葛，并可能與個别發育、细胞分解有關。
經典的例子是逆轉录病毒，它将一些遗傳暗码整合到宿主的基因组中。在基因复制進程中，癌症容许這些休眠的轉座因子從新得到它们在癌细胞内的轉座力，并驱動非典范轉录物的表达，這些轉录物有時可以在肿瘤样本中高度表达和遍及同享。
正因如斯，钻研职員在分歧类型的肿瘤中發明98%的肿瘤中整合了轉座因子，并發明這些轉录物具备發生良性组织中不存在的新肽的潜力。這表白它带来了一種针對分歧癌症类型肿瘤的新法子。
钻研進程
02
钻研團隊起首開辟了一個新的算法TEProF2（TE Promoter Finder 2），用于從轉录组数据中辨認從轉座子起頭拼接到基因的嵌合轉录本（TE-gene chimeric transcripts，TETs）。
然後，他们把TEProF2利用到TCGA数据库中的10357個肿瘤和729個病人正常组织样本上，以周全分解這些轉录本在33種癌症类型中的表达。
後续經由過程阐發TETs在GTEx中11686個正常组织样本中的表达，挑選出2297個癌细胞特异的TE-基因嵌合轉录本（tumor-specific TE-gene chimeric trans老虎機,cripts，嬰兒消化不良,TS-TETs）。這些轉录本中有1068個被展望能编码嵌合卵白或移码突變卵白（tumor-specific TE-gene chimeric proteins，TS-TEPs）。由于這些卵白是肿瘤特定轉录本所翻译的，是以它们具备可以靜脈曲張噴劑，作為免疫療法靶标的极大潜能。
随後，钻研團隊操纵CPTAC供给的肿瘤卵白质谱数据乐成确認TS-TEPs在乳腺癌和卵巢癌肿瘤样本中的存在。别的，他们操纵4個细胞系天生HLA-pulldown质谱数据，并從中辨認到来自TS-TEPs的抗原。
最後，除被呈递為抗本来激活免疫反响外，轉座子與膜卵白的嵌合卵白可以标識表记标帜在癌细胞外概况，從而作為免疫或靶向療法针對的工具。作者操纵了质谱、贸易可購和定制抗體来评估膜连系TS-TEPs的存在。
一項针對癌症的阐發發明了削减肿瘤的癌症靶點
钻研意义
03
综上所述，该钻研經由過程開辟新的算法，從大数据中深刻分解了TE基因嵌合轉录本在33種分歧癌症类型的表达，夸大了它们作為癌症靶點的可能性，并為免疫療法及肿瘤疫苗開辟供给了大量可针對的潜伏靶标。
参考資料：
注：本文旨在先容醫學钻研希望，不克不及作為醫治方案参考。如需得到康健引导，請至正规病院就醫。
頁:
[1]